Birkenau fu concepito inizialmente, secondo i piani di Himmler del marzo 1941, come campo per i prigionieri di guerra russi e fu il principale campo di sterminio del complesso di Auschwitz. Divenne operativo il 7 ottobre 1941 e venne installato presso la cittadina di Brzezinka ( in tedesco Birkenau) , a 3 Km dal campo di Auschwitz I. Venne selezionato per la vicinanza alla linea ferroviaria che avrebbe semplificato le operazioni logistiche per le previste grandi deportazioni successive.

Il lager venne utilizzato come strumento principale di sterminio nel contesto della tristemente famosa " soluzione finale" della questione ebraica. Quando il lager fu costruito vennero distrutte le abitazioni di alcuni abitanti del luogo per riacavarne materiale di costruzione. Le dimensioni del lager erano di circa 2,5 Km per 2 Km ed era circondato da filo spinato elettrificato usato da alcuni prigionieri, stremati dalla impossibili condizioni di vita, per suicidarsi.

• Settore BIa, lager femminile: dall'agosto 1942 vennero internate in questo settore donne ebree e non ebree deportate da diverse nazioni insieme ai loro figli.
• Settore BIb: dal marzo 1942 vennero internati in questo settore uomini ebrei e non ebrei deportati da diverse nazioni.
• Settore BIIa, lager di quarantena: dall'agosto 1943 al novembre 1944 in questo settore vennero rinchiusi uomini ebrei e non ebrei durante il periodo di quarantena, necessario ad identificare coloro che avrebbero potuto essere affetti da malattie contagiose. Il lager era utilizzato dalle autorità del campo per "iniziare" gli internati alla dura vita del campo, terrorizzandoli, ed abituarli all'obbedienza indiscussa a ogni ordine impartito.
• Settore BIIb, campo per famiglie di Theresienstadt: venne occupato dalle famiglie ebree, provenienti dal ghetto di Theresienstadt dopo la sua liquidazione.
• Settore BIIc, campo di transito: trovarono temporanea collocazione le donne ebree provenienti dall'Ungheria in previsone di essere inviate al lavoro presso altri settori di Auschwitz o altri lager. Le donne rinchiuse nel settore non vennero registrate sui registri ufficiali del campo, per essere poi mandate al lavoro oppure, alla morte senza lasciare traccia.
• Settore BIId, lager maschile: dal novembre 1943 al gennaio 1945 fu il principale lager maschile di Birkenau.
• Settore BIIe, campo per famiglie zingare: dal febbraio 1943 all'agosto 1944 fu il campo di internamento per le famiglie zingare deportate.
• Settore BIIf, ospedale: a partire dal luglio 1943 fino al gennaio 1945 fu l'ospedale per i prigionieri maschi, spesso chiamato "anticamera del crematorio" a causa dell'elevatissimo numero di ammalati che morivano per le selezioni periodiche e le inesistenti cure sanitarie.
• Settore BIIg, deposito o Kanada: il settore era destinato allo stoccaggio e al successivo invio in Germania dei beni di proprietà dei deportati.
• Settore BIII, campo di transito: la costruzione del settore iniziò alla fine del 1943 e proseguì fino all'aprile 1944 anche se non venne mai completata. Almeno 10.000 internate ebree vennero rinchiuse nel campo incompleto dal giugno 1944 al novembre dello stesso anno spesso senza neppure un ricovero, in terribili condizioni. Lo scopo primario del lager era l'eliminazione di massa.